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中国水产科學研究院南海水产研究所成立于1953年，是我国南海区域从事热带亚热带水产基础与应用基础研究、水产高新技术和水产重大应用技术研究的公益性国家级科研创新机构。

所內設有漁業資源研究室、資源養護與海洋牧場研究室、漁業環境研究室、水産養殖與遺傳育種研究室、漁業工程研究室、漁業生物病害防治研究室、食品工程與質量安全研究室等7個研究室，以及漁業信息中心、南海漁業戰略研究中心、調查船基地、深圳試驗基地、熱帶水産研究開發中心（海南）、花都試驗基地、珠海試驗基地、北部灣海洋漁業研究中心（北海）。全所主要研究領域包括漁業資源保護與利用、漁業生態環境、水産健康養殖、遺傳育種、生物技術、水産病害防治、水産品加工與綜合利用、水産品質量安全控制、漁業裝備與工程技術以及漁業信息等10大領域。

出版核心學術期刊《南方水産科學》，擁有華南地區貯藏量最豐富的熱帶亞熱帶海洋生物標本館，擁有千噸級海洋漁業科學調查船“南鋒”號、300噸級漁業資源調查船中漁科“301”號。