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中国水产科學研究院南海水产研究所成立于1953年，是我国南海区域从事热带亚热带水产基础与应用基础研究、水产高新技术和水产重大应用技术研究的公益性国家级科研创新机构。现有在职人员309名，其中，高级研究人员123名。中国水产科學研究院首席科学家2名，博士生导师14名、硕士生导师69名，国家级和省、部级有突出贡献专家10名，享受政府特殊津贴专家21名。

所內設有漁業資源研究室、資源養護與海洋牧場研究室、漁業環境研究室、水産養殖與遺傳育種研究室、漁業工程研究室、漁業生物病害防治研究室、食品工程與質量安全研究室等7個研究室，以及漁業信息中心、南海漁業戰略研究中心、調查船基地、深圳試驗基地、熱帶水産研究開發中心（海南）、花都試驗基地、珠海試驗基地、北部灣海洋漁業研究中心（北海）、廣州海鷗島河口試驗基地。

依托所建有国家水产品加工技术研发中心、全国水产标准化技术委员会渔业资源分技术委员会、农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室、农业农村部水产品加工重点实验室、农业农村部外海渔业开发重点实验室、农业农村部南海渔业资源环境科学观测实验站、农业农村部南海区海水养殖病害防治研究中心、农业农村部南海区渔业生态环境监测中心、农业农村部斑节对虾遗传育种研究中心、农业农村部南海水产育种创新基地、农业农村部华南水产品加工与质量安全研究中心、农业农村部水产品贮藏保鲜质量安全风险评估实验室（广州）、农业农村部渔业环境及水产品质量监督检验测试中心（广州）、农业-164号特有工种职业技能鉴定站、广东省渔业生态环境重点实验室、广东省水产标准化技术委员会、广东省水产品精深加工及副产物高效利用工程技术研究中心、广东省网箱工程技术研究中心、广东省海洋生物种业工程技术研究中心、中国水产科學研究院水产种质资源与养殖技术重点实验室、中国水产科學研究院海洋牧场技术重点实验室、中国水产科學研究院水产品加工及综合利用工程技术研究中心、中国水产科學研究院网箱工程技术研究中心、广东省海洋休闲渔业工程技术研究中心、中国水产科學研究院南海水产研究所博士后科研工作站、中国水产学会科普教育基地、国家现代农业科技示范展示基地等38个部（�。�、院级重点实验室、研究中心、野外台站。

全所主要研究領域包括漁業資源保護與利用、漁業生態環境、水産健康養殖、遺傳育種、生物技術、水産病害防治、水産品加工與綜合利用、水産品質量安全控制、漁業裝備與工程技術以及漁業信息等10大領域。

建所以來，承擔3700多項國家級、�。ú浚┘壙蒲许椖�，獲得國家級獎勵16項，省、部級獎勵300多項。突出成果有《四大家魚人工繁殖》《大珠母貝人工育苗與插核珠技術》《“南海贻貝觀察”體系的研究》《廣東省海島水域海洋生物和漁業資源調查》《鲻魚人工繁殖與育苗技術研究》等。

2016-2020年，承担包括国家自然科学基金、国家重点研发计划等各类科研项目共829项，其中国家级项目97项、省部级项目626项；获得各级成果奖励42项次，其中�。ú浚┘兑坏冉�3项、二等奖8项；发表学术论文1689篇，其中SCI/ EI收录697篇（其中一区SCI 135篇），出版专著36部；发布国家、行业、地方等各类标准28项，获授权专利472件，被列为第二批广东省知识产权示范事业单位。

出版核心學術期刊《南方水産科學》，擁有華南地區貯藏量最豐富的南�：Ｑ笊�物標本館，現有千噸級海洋漁業科學調查船“南鋒”號、300噸級漁業資源調查船“中漁科301”號。